S-a născut în 1961, în orașul Chișinău. A absolvit Colegiul de muzică „Ștefan Neaga” (1977-1981) și Conservatorul de Stat „Gavriil Musicescu” (1981-1986), clasa de violoncel a profesorilor Ion Josan și Oleg Studnițchi. Paralel, a studiat la Facultatea de Instrumente de Muzică Populară cu profesorii și dirijorii Petre Neamțu, Gheorghe Mustea, Serghei Ciuhrii și Vasile Crăciun. Din 1986 este profesor la Catedra de folclor, specialitatea canto popular a Academiei de Muzică, Teatru și Arte Plastice. Este solist-instrumentist în Ansamblul etnofolcloric „Tălăncuța”, de la înființarea acestuia, notează sursa citată.

Victor Botnaru este cunoscut drept un mare maestru al cobzei, instrument pe care astăzi, grație lui, îl mânuiesc mai mulți interpreți. „Ori cântărețul este cobzar, ori cobzarul – cântăreț. În muzica noastră tradițională profesionistă cobzarul a fost dintotdeauna cântăreț. Istoria cântecului „Să-mi cânți, cobzar bătrân, ceva” vorbește de la sine. Așa m-a îndemnat și pe mine șeful catedrei, regretatul compozitor Gleb Ceaicovschi: „Sunt aici, la Conservator, fete cântărețe. Să ia cobza în mână și să cânte”. Acest lucru îl fac de ani buni – îi învăț pe cântăreți să cânte la cobză. Am mai mulți discipoli care cântă și la cobză, și cu vocea: Marin Ganciu, Viorica Cibotaru, Ștefan Popescu, Stela Botez ș.a. Discipol mi-a fost și regretatul Gicu Afroni,”  afirmă Victor Botnaru.

La Academia de Muzică, Teatru și Arte Plastice, a înființat și un ansamblu al cobzarilor cu care a cutreierat o lume întreagă. A concertat în mai multe sate ale republicii, precum și în Estonia, Germania, Olanda, România, Ucraina și în alte țări. „Din antichitate cunoaștem că geții mergeau în solie, ținând chitare în mâini și cântând din ele. Cobza e unul dintre cele mai vechi instrumente tradiționale. Și încă ceva: cobzăria este un teren nesecat de explorare continuă a muzicii noastre tradiționale. Vă spun însă un lucru: cu cât mai frumos sună vocea, cu atât mai frumos sună și cobza”, ne spune profesorul Victor Botnaru.

În fiecare an, el pleacă în expediții folclorice, adunând tot ce are mai de preț acest popor. „Am efectuat expediții și la cobzarii din România. De fapt, noi ne-am trezit cu vioara și cu cobza în mână. Bunica mea, Ana din Cucuruzeni, Orhei, adeseori îmi spunea: „Cândva, veneau la noi lăutari din Ciocâlteni - Tănase și Ghiță – cu scripca, iar Matianu – cu cobza…”.

Victor Botnaru este, de asemenea, consultant în domeniul construcției cobzelor. În acest sens, colaborează fructuos cu lutierul Nicușor Mardare care, cu mulți ani în urmă, la Combinatul de instrumente populare condus de Jan Vizitiu a participat la reconstrucția cobzei. Tot el, l-a încurajat să meșterească acest instrument și pe Vladimir Dron din Gura Galbenei, raionul Cimișlia.

În 2010, prin decret prezidențial, lui Victor Botnaru i s-a conferit titlul onorific de Maestru în Artă.