În 2016, Ministerul Educației a depus o cerere de chemare în judecată împotriva Adunării Populare a Găgăuziei. Ministerul Educației consideră că propria legea a învățământului pe care a adoptat Comratul este ilegală în fond, fiind emisă contrar prevederilor legii. Documentul votat de membrii Adunării Populare vine în contradicție cu prevederile Constituției Republicii Moldova și, în special, cu ale legislației naționale care formează cadrul juridic al educației.

În decizia CSJ, se menționează că actele de studii sunt eliberate în trei limbi, potrivit formatelor elaborate și aprobate de Ministerul Educației. Magistrații Curții Supreme de Justiție consideră că, în condițiile în care Legea învățământului UTA Găgăuzia prevede utilizarea modelului diplomei conform formatului aprobat de minister, este neîntemeiată indicarea unilaterală a limbilor în care se completează actele de studii. Astfel, Republica Moldova, fiind parte a Procesului Bologna, eliberează acte de studii în două limbi: limba română și limba engleză.

Potrivit deciziei, este doar de competența Ministerului Educației, Culturii și Cercetării de a defini, elabora și aproba standardele educaționale de stat, acestea nu pot fi definite, elaborate sau aprobate de autoritățile locale cu luarea în calcul a propunerilor Ministerului Educației, Culturii și Cercetării.

Magistrații mai susțin că  Legea învățământului din UTA Găgăuzia reglementează relațiile internaționale în domeniul învățământului în timp ce Găgăuzia nu este subiect al relațiilor internaționale și nu poate semna tratate internaționale cu alte state și organizații internaționale.

Așa-zisa lege a învățământului adoptată de Adunarea Populară de la Comrat prevedea că procesul de studii are loc în trei limbi: găgăuză,, moldovenească” și rusă. Documentul presupunea și o studiere mai aprofundată a istoriei regiunii.