Auditul efectuat de Curtea de Conturi a constatat că unele activități și tranzacții realizate de Moldovagaz au fost neconforme normelor. Auditorii au atestat lipsa unor documente, lipsa rapoartelor financiare și documentelor privind activitatea  întreprinderilor din stânga Nistrului pentru perioadele 1994-1998 și 2005-2013.

Probele colectate de audit relevă că din totalul investițiilor capitale realizate de întreprinderile din sistemul gazelor naturale, doar 77% au fost acceptate de către ANRE, iar investițiile în valoare de 815 milioane de lei, au fost nejustificate.

Potrivit raportului Curții de conturi, datoria Moldovagaz față de Gazprom, la 31 decembrie 2021, constituia 469 milioane dolari, pentru partea dreaptă a Nistrului și 6,8 miliarde dolari pentru partea stângă:

„Conform actelor de verificare semnate la 31 decembrie 2021, de către SA „Moldovagaz” cu SA „Gazprom”  și SRL Factoring Finance, datoria SA „Moldovagaz” pentru gazele naturale livrate și pentru bronarea capacităților suplimentare de transport al gazelor naturale a constituit față de SA „Gazprom”, partea dreaptă a Nistrului, 469 milioane dolari;  partea stângă a Nistrului, 6 miliarde 871 milioane de dolari; iar față de SRL Factoring Finance, partea dreaptă a Nistrului, 275 milioane dolari; pentru partea stângă a Nistrului 925 milioane dolari. Examinările auditului au relevat că deși au fost semnate acte de verificare cu SRL Factoring Finance privind recunoașterea datoriilor aferente penalităților calculate în anii 1993-2002 în sumă totală de 155 milioane dolari, acestea nu au fost înregistrate în evidența contabilă S.A. „MoldovaGaz", precizează Curtea de Conturi.

Curtea de conturi a mai constatat că datoriile malului stâng și celui drept pentru gazele consumate nu corespund realității, iar cota de participare a RM la fondarea Moldovagaz a fost diminuată:

„Auditul constată că datoriile malului stâng și malului drept al Nistrului pentru gazele naturale nu corespund realității urmare a neeliminării deficiențelor la constituirea de către Guvernul Republicii Moldova a întreprinderilor mixte cu SA „Gazprom”  constatate de Curtea de Conturi încă în anul 2002, când cu o parte din patrimoniul transmis în capitalul social al acestor societăți au fost stinse și o parte din datoria pentru gazele consumate. Astfel, atât la fondarea S.A „Gazsnabtranzit” în anul 1995, cât și la fondarea SA „Moldovagaz” la 25 mai 1999, nu au fost respectate prevederile art.9 alin. 2 din Legea privind investițiile străine nr. 998 din 1992, conform cărora depunerile în capitalul social al întreprinderii urmau să fie efectuate la prețuri mondiale, ca urmare cota de participare a Republicii Moldova în capitalul social al S.A „Gazsnabtranzit”, cât și SA „Moldovagaz” a fost diminuată”, se arată în raportul Curții de Conturi.

Potrivit raportului, transmiterea Gazsnabtranzit către Tiraspoltransgaz s-a efectuat în afara cadrului legal și este nulă, însă, Moldovagaz nu s-a adresat în instanțe pentru recuperarea patrimoniului și nu a cerut suspendarea dreptului de vot al regiunii transnistrene.  

Regiunea transnistreană, prin intermediul Gazprom, până în prezent este implicată în procesul decizional asupra gestionării patrimoniului din dreapta Nistrului, deși în 2005 aceasta s-a retras din acționariat.