Deși prognozele privind impactul extinderii centralei de la Novodnestrovsc au fost diferite, de la moderate până la apocaliptice, nu există un calcul exact al prejudiciului potențial care urmează a se produce în urma extinderii nodului hidroenergetic. Însă, prin diferite metodologii ar putea fi evaluate daunele provocate fluviului și populației.

Studiu arată că relația dintre Complexul Hidroenergetic Nistrean și schimbările nefaste prin care au trecut localitățile conectate la beneficiile oferite de fluviu este clară. Construcția digului pentru rezervorul centralei a dus la o scădere dramatică a debitului râului, fapt care a provocat o schimbare a ecosistemelor fluviului, ducând, în final la un spectru larg de pagube, de la cele aduse florei și faunei, până la cele aduse sistemelor de irigare.

Pierderile de apă propriu-zise, în condițiile unui preț al apei de 25 de dolari pentru un metru cub (costul apei potabile, comercializată în magazine), pierderile economice anuale în anii 1991-2015 au constituit în medie 27 de milioane de dolari dacă se reiese din scăderea debitului la Moghiliov-Podolski și aproape de două ori mai mult dacă este vorba despre scăderea debitului de la Bender.

Pe parcursul verii, debitul pe cursul mediu și cel inferior al fluviului este mai mic decât pe cel superior, în amonte de hidrocentrală. Pe lângă aceasta, hidrocentrala a provocat scăderea cursului râului, conducând la limpezirea apei și dezvoltarea masivă a vegetației acvatice superioare, care le-a permis macrofitelor să se înrădăcineze temeinic în râu.

Creșterea intensă a algelor și macrofitelor provoacă înnămolirea râului, fapt care, la rândul său, influențează condițiile de captare a apei pentru nevoi de irigare. Cheltuielile suplimentare ale Asociațiilor utilizatorilor de apă pentru irigare, cauzate de defectările provocate de alge, ar putea constitui circa 2,9 mii de dolari anual. Suma este aparent mică, însă ea trebuie privită în contextul celor câteva asociații de utilizatori de apă pentru irigare, pierderile în cauză fiind incluse în costul tarifelor acestora, astfel fiind în scădere atractivitatea asociațiilor pentru fermieri.

Având în vedere suprafețele ecosistemelor fluviale, până la construirea Complexul Hidroenergetic Nistrean se recoltau pe Nistru circa 93,2 tone de pește. În prezent, cantitatea de pește prins constituie circa 20 de tone. Treptat, s-a redus dramatic populația de pește de soiuri cu valoare adăugată înaltă, în favoarea celor ieftine. Un cost compensatoriu de luat în calcul ar fi cel de populare a râului cu pești, pentru a asigura artificial pescuitul.

Pe lângă aceste pierderi, mai simplu de calculat, există și pierderile care țin de diminuarea suprafeței pădurilor de pe malurile Nistrului, diminuarea fânețelor și a zonelor umede, cele care asigură filtrarea apei. Pierderea de vegetație are drept consecință și reducerea cantității de asimilare a bioxidului de carbon din atmosferă. De asemenea, pierderile aduse turismului în localitățile din vecinătatea Complexului, pe parcursul celor 30 de ani de la punerea în funcțiune, ar fi de circa 32 de mii de dolari.

Studiul a fost comandat de PNUD Moldova și elaborat de un grup de experți independenți, la solicitarea Ministerului Mediului, cu sprijinul financiar al Suediei.