Bakatin va rămâne în istorie drept persoana care, cu permisiunea liderului sovietic de atunci, Mihail Gorbaciov, în semn de „bunăvoință” a predat Statelor Unite o schemă de interceptări telefonice din noua clădire a ambasadei americane la Moscova.

Odată cu destrămarea Uniunii Sovietice, Bakatin a condus organizația care a înlocuit KGB-ul - Serviciul de securitate inter-republican.

Sarcina lui Bakatin a fost reformarea KGB. Astfel, instituția a fost împărțită în servicii speciale, securitatea statului, iar trupele de frontieră au fost excluse din comitet. În ianuarie 1992, Boris Elțin l-a demis pe Bakatin, după care acesta nu a mai ocupat funcții publice.

În 1991, Vadim Bakatin, în calitate de șef al KGB, i-a dezvăluit ambasadorului SUA Robert Schwarz Strauss metodele care au fost folosite pentru a instala dispozitive de ascultare în clădirea care fusese destinată să înlocuiască Spaso House ca ambasadă americană la Moscova. Strauss a raportat că această dezvăluire a fost făcută dintr-un sentiment de cooperare și bunăvoință, „fără condiții”. Acțiunea lui Bakatin a fost întâmpinată cu critici dure, inclusiv acuzații de trădare care au fost în cele din urmă retrase.