Proiectul Protocolului prevede modificări privind eliminarea operațiunilor controlului dublu, iar în unele sectoare a controlului triplu al autorităților vamale și de management al frontierei. Prin acestea, va fi asigurată facilitarea controlului vamal și de frontieră a garniturilor feroviare și brigăzilor de locomotive, care traversează teritoriul Moldovei și al Ucrainei.

Astfel, vor fi simplificate procedurile de tranzit feroviar al mărfurilor pe teritoriul Ucrainei, cu destinația R. Moldova și România, și pe teritoriul Moldovei, cu destinația Ucraina și România, fapt ce va permite atragerea volumelor de mărfuri transportate pe calea ferată. 

Totodată, implementarea proiectului va permite modificarea lanțurilor logistice prin redirecționarea transportului de mărfuri de pe segmentul rutier pe cel feroviar, micșorând, astfel, sarcina pe drumurile rutiere naționale, ceea ce va duce la majorarea volumelor de mărfuri aflate în tranzit prin teritoriul Moldovei și va avea un impact pozitiv asupra economiei naționale. 

Negocierile privind modificarea Acordului între Guvernul Republicii Moldova și Guvernul Ucrainei cu privire la activitatea transportului feroviar sunt inițiate în urma propunerilor oficiale parvenite de la Kiev.