Potrivit Poliției de Frontieră, în această etapă, sistemul va funcționa prin preluarea datelor din documentele de călătorie ale cetățenilor statelor din afara Uniunii Europene, informațiile fiind introduse în bazele de date. Implementarea nu include, pentru moment, colectarea elementelor biometrice precum imaginea facială sau amprentele digitale.

EES se aplică doar cetățenilor acelor state care nu fac parte din UE și care efectuează șederi de scurtă durată pe teritoriul Uniunii Europene (până la 90 de zile în oricare 180 de zile).

„Pentru fiecare cetățean NON-UE care intră în România prin punctele deja operaționalizate, sistemul înregistrează data și locul de intrare și ieșire, colectează date alfanumerice și/sau biometrice (imagine facială și patru amprente digitale) și calculează automat durata șederii legale”, precizează autoritățile de frontieră. 
 
Implementarea sistemului urmărește înlocuirea ștampilării manuale a documentelor de călătorie, fără a modifica drepturile de circulație existente. Pe durata perioadei de tranziție (aproximativ 6 luni), pașapoartele vor continua să fie ștampilate manual.
 
La prima intrare, după activarea sistemului, sunt prelevate datele, iar la călătoriile ulterioare verificarea se va realiza automat, reducând timpul de așteptare la frontieră.

Extinderea la Giurgiulești-Galați și Cahul-Oancea face parte din implementarea progresivă a EES la toate punctele de trecere a frontierei. Sistemul a devenit operațional în UE din 12 octombrie și deschis inițial în Republica Moldova la punctul Costești-Stânca.