Comuniștii au fost acuzați de fraudarea alegerilor, iar tinerii, susținuți de opoziția de atunci, au ieșit la proteste care însă au degenerat în violențe. Au fost devastate clădirile președinției și parlamentului, iar cel puțin o persoană a fost omorâtă în bătăi de polițiști.

Pe 7 aprilie câteva zeci de mii de tineri s-au adunat în Piața Marii Adunări Naționale din Chișinău, pentru a protesta față de fraudarea alegerilor, dar în scurt timp manifestația pașnică a degenerat în violențe. Unii dintre participanți au luat cu asalt sediile președinției și parlamentului și i-au atacat pe polițiști cu pietre. Inițial, aceștia nu au opus rezistență, iar provocatorii din rândurile manifestanților au reușit să pătrundă în interiorul clădirilor și au devastat aproape în totalitate sediul Parlamentului.

Structurile de ordine au intervenit însă în forță noaptea, când în centrul Chișinăului mai erau câteva zeci de persoane. Atunci și-a pierdut viața singurul protestatar a cărui moarte a fost recunoscută de autorități, Valeriu Boboc, însă există  suspiciuni că numărul celor decedați a fost mai mare. Sute de tineri au fost reținuți și duși în comisariatele de poliție unde au fost torturați.

Guvernarea comunistă de atunci a acuzat România că ar sta în spatele acestor violențe și că ar fi încercat să organizeze o lovitură de stat la Chișinău. În consecință, ambasadorul României la Chișinău, Filip Teodorescu, a fost expulzat și a fost introdus regimul de vize pentru cetățenii români care până atunci puteau intra liber în Republica Moldova.

Deși au trecut șapte ani de la acele evenimente, opinia publică nu știe încă cine a provocat violențele.  Sute de tineri au afirmat că au fost torturați de polițiști, însă doar nouă angajați ai forțelor de ordine au fost condamnați până acum, cu suspendare, iar alți cinci cu executarea pedepsei. Fostul ministru de Interne de atunci, Gheorghe Papuc, precum și polițistul Ion Perju, acuzat de uciderea lui Valeriu Boboc, au fost condamnați la privare de libertate dar niciunul dintre ei nu stau după gratii. Generalul Papuc, după ce a fost condamnat la 4 ani de detenție, s-a ascuns timp de câteva luni în Rusia, iar ulterior a fost  achitat de Curtea Supremă de Justiție de la Chișinău, iar Ion Perju, condamnat la 10 ani, a părăsit Republica Moldova chiar din sala de judecată, fiind dat în căutare generală.

După protestele din aprilie, comuniștii care dețineau 60 de mandate din totalul celor 101, nu au reușit alegerea președintelui țării, ceea ce a dus la alegeri anticipate și venirea partidelor pro-europene la putere.

Foștii protestatari și reprezentanții societății civile consideră că autoritățile statului au eșuat în investigarea cazurilor de tortură din aprilie 2009 și că nu există un mecanism eficient de reabilitare a victimelor.