În perioada 23 – 26 ianuarie 1465, a avut loc Bătălia de la Chilia, în care, domnul Moldovei, Ștefan cel Mare, cu asentimentul Poloniei, căreia i-a promis ajutor militar în conflictul cu cavalerii teutoni, a organizat un atac pentru cucerirea cetății, important centru comercial și maritim, obținând victoria, și impunând la conducerea ei pe pârcălabii Isaia și Buhtea. Stăpânirea cetății Chilia a dus subminarea pozițiilor Ungariei la Dunărea de Jos, precum și la pierderea unor importante surse de venit pentru toți factorii implicați: genovezii din Caffa, tătarii din Crimeea și Imperiul Otoman.

Conform izvoarelor istorice, în Letopisețul anonim al Moldovei, se menționează că, urmare a izbânzii, Ștefan cel Mare hotărăște să ridice o mănăstire, iar despre locul ales pentru aceasta, ne istorisește cronicarul Ioan Neculce: „Ștefan-Vodă cel Bun, când s-au apucat să facă Mănăstirea Putna, au tras cu arcul dintr-un vârfu de munte ce este lângă mănăstire. Și unde au agiunsu săgeata, acolo au făcut prestolul în oltariul”.

Doar că, fără ca domnitorul să știe, pe acest loc s-a aflat o vatră sihăstrească bine organizată, fapt dovedit de arheologi, prin identificarea a cinci schelete, în partea de sud, în anii 1980-1982. Acestea arată că înmormântările au fost simple, tipice unor monahi care locuiseră aici anterior construcției lui Ștefan cel Mare.

Mai mult, la circa 2 km de locul ales, exista o chilie săpată în stâncă. În legătură cu aceasta, se află o altă legendă, care ar arăta că hotărârea lui Ștefan cel Mare de a ridica Mănăstirea Putna, a apărut după un război pierdut, când voievodul, rătăcind rănit prin țară, ar fi ajuns la acea chilie de pe valea Vițeului, unde un pustnic bătrân, cu barba albă și lungă până la brâu, neidentificat inițial, dar care nu putea fi altul decât Daniil Sihastrul, i-ar fi acordat găzduire și l-ar fi ospătat cu mălai fiert și rădăcini culese din pădure. Legenda spune că pustnicul l-ar fi luat de mână pe Ștefan, ar fi ieșit eu el din chilie și i-ar fi arătat către un anumit loc, întrebându-l de trei ori dacă vede ceva într-acolo, iar a treia oară, Ștefan i-ar fi răspuns că vede niște lumini, sihastrul precizând că ceea ce vede sunt îngeri și că locul respectiv este sfânt. Astfel ar fi apărut făgăduința lui Ștefan de a ridica mănăstirea, apoi, a doua zi, el a pornit la luptă, alături de oastea sa, învingându-i pe dușmani. După luptă, a poruncit începerea lucrărilor la mănăstire, nu înainte de a se pune la temelie „o căldare mare cu galbeni” și alte odoare de aur și argint, pe care el însuși le va scoate de acolo când va învia din morți, „călare pe calul lui și cu sabia în mână, ținând-o dreaptă, drept în sus”.

Tot de Daniil Sihastrul și chilia sa este legată o altă legendă a întemeierii Putnei, în care se spune că într-o noapte foarte întunecoasă, pe când Daniil Sihastrul se ruga în chilia sa de pe valea Vițeului, iar afară se amestecau urletele lupilor cu mormăiturile urșilor, ar fi sosit la el, să-i ceară găzduire Ștefan-Vodă care, întorcându-se de la o vânătoare din munți, s-ar fi rătăcit prin partea locului. Cu acel prilej, bătrânul sihastru, având sfat de taină cu voievodul, l-ar fi înduplecat să ridice în apropiere, pe frumoasa vale a Putnei, o mănăstire.

Mihai Sadoveanu afirmă, în „Viața lui Ștefan cel Mare”, că locul în care urma să fie ridicată construcția a fost ales de voievod, după ce a tras cu arcul de pe Dealul Crucii: „…Așa se oprise la Putna și, după obiceiul vremii, hotărâse împrejmuirea trăgând însuși măria sa cu arcul din punctul unde trebuia să fie poarta clopotniței. Unde a căzut săgeata urma să se așeze altarul”.

Pe de altă parte, conform tradițiilor rămase în folclorul neamului, se spune că după fiecare bătălie, domnitorul Ștefan cel Mare (între anii 1457 și 1504) ar fi ridicat câte o biserică, iar conform cronicarului Ioan Neculce, „câte războaie au bătut, atâtea mănăstiri cu biserici au făcut”. În fapt, conform istoricilor, legendele nu au corespondent în realitate, fiind de menționat, spre exemplu, că în primii nouă ani de domnie, Ștefan cel Mare a dus mai multe războaie, însă în această perioadă a ridicat o singură biserică, la Probota, sau că de la realizarea Mănăstirii Putna și până la înălțarea următorului edificiu bisericesc, respectiv între anii 1466 – 1487, s-au mai scurs încă două decenii, răstimp în care, de asemenea, nu a construit decât o singură biserică, la Râmnicu Sărat, deși în acest interval s-au desfășurat cele mai importante dintre războaiele din perioada domniei sale.Însă oricare ar fi adevărul care a stat la originea ridicării sfântului lăcaș, la 10 iulie 1466, Ștefan-vodă a început zidirea Mănăstirii Putna, pe care a înzestrat-o cu hramul „Preasfintei Născătoare de Dumnezeu”.

Toate lucrările de aici au avut parte de o atenție specială din partea domnitorului, atât în privința detaliilor tehnice și al fortificațiilor, al daniilor și privilegiilor acordate mănăstirii, dar și al organizării scriptoriului mănăstiresc, imediat după începerea lucrărilor fiind transferați de la Mănăstirea Neamț, egumenul Ioasaf împreună cu mai mulți monahi, meșteri caligrafi și miniaturiști, care au procedat la copierea primelor mineie și evangheliare necesare viitorului lăcaș.

În 12 aprilie 1470, Ștefan a făcut danie somptuoasă o cădelniță de argint aurit, decorată cu motive gotice, una dintre cele mai valoroase opere de orfevrărie românească medievală, comandată unui atelier transilvănean special pentru a servi la sfințirea ctitoriei sale.La 3 septembrie 1470 a avut loc târnosirea Mănăstirii Putna, în prezența domnului și a familiei sale, a boierilor divaniți și a unei importante adunări de credincioși, serviciul religios fiind oficiat de un sobor de 64 de arhierei, preoți și diaconi, în frunte cu mitropolitul Teoctist al Moldovei, cu episcopul Tarasie al Romanului și cu arhimandritul Ioasaf, primul egumen al Putnei.

Mănăstirea Putna era destinată inițial să servească drept necropolă domnească pentru familia lui Ștefan cel Mare, în funcțiunile ei s-au extins, fiind locul în care Ștefan se retrăgea pentru a-și regăsi liniștea. Pentru aceasta i-a fost construită o casă domnească și fortificații care să o protejeze împotriva invadatorilor și hoților de ocazie.

Aici au fost create și ateliere de broderie pentru mătăsuri scumpe, țesute cu fir de aur sau argint și ornate cu pietre prețioase, atelierul de scris cărți, care devenise foarte cunoscut pe continent, ateliere de olărit, de prelucrarea metalului și nu în ultimul rând ateliere pentru pictură iconografică pe sticlă și lemn.

Mai mult, aici funcționa o școală în care se învăța cititul și scrierea în limba greacă și în slavonă, retorică, logică, muzică bisericească și chiar astronomie, toate acestea încă din timpul lui Ștefan cel Mare și încă mult timp după dispariția sa, la 2 iulie 1504. Astfel, Mănăstirea Putna a devenit un remarcabil centru cultural și educațional, al doilea ca valoare în Balcani, după Școala Patriarhală de la Constantinopol.

Turnul tezaurului, în care domnitorul Ștefan cel Mare păstra bunurile cele mai de preț în timpul bătăliilor și năvălirilor păgâne, este singura construcție care s-a păstrat în totalitate, în prezent aici fiind găzduite cărți bisericești și manuscrise de mare valoare.

La 15 martie 1484, un puternic incendiu a distrus chiliile și parțial biserica, iar Ștefan cel Mare a decis restaurarea bisericii și refacerea picturii, în interior și exterior.

La 2 februarie 1503, sismțindu-și finalul aproape, Ștefan emite un hrisov – testament, în care erau recapitulate și reîntărite toate privilegiile Mănăstirii Putna.

În anul 1653, Mănăstirea Putna este distrusă de oștile de cazaci ale lui Timus Hmelnițki, iar domnitorul Vasile Lupu a început refacerea bisericii, lucrările fiind continuate apoi de voievozii Gheorghe Ștefan și Eustație Dabija, fiind încheiate abia în anul 1662. Între anii 1774−1918, în care Bucovina a fost ocupată de imperiul habsburgic, biserica mănăstirii a suferit mai multe modificări, iar între anii 1901 – 1902, a fost restaurată de către arhitectul austriac Karl Adolf Romstorfer.

În 28 iunie 1940, după ultimatumul sovietic, are loc retragerea trupelor române din Bucovina de Nord, care intră astfel sub ocupația sovietică, iar la 6 iulie, trupele rusești au ocupat aceste locuri, Mănăstirea Putna, dar și satul și zona chiliei lui Daniil Sihastrul. Militarii români conduși de căpitanul Ioan Tobă (Hatmanul) au învins agresorii și i-au alungat peste limita noii granițe, iar comandantul grupului ce a eliberat Mănăstirea Putna a fost deportat în Siberia între anii 1948-1964.

În perioada 1969 – 1970, aici au avut loc săpături arheologice, descoperindu-se că actualul plan al bisericii Mănăstirii Putna este identic cu planul vechii biserici ctitorite de Ștefan cel Mare, iar zidurile bisericii conțin în masa lor, elemente de piatră „de talie cu profilatură”, recuperate din zidăriile bisericii construite de Ștefan cel Mare între anii 1466 – 1469.

Aceleași cercetări au arătat că, fațadele monumentului au fost înfrumusețate inițial cu o bogată decorație de discuri smălțuite, iar până la jumătatea secolului al XVII-lea, pe anumite zone, cu un strat de tencuială purtător al unei picturi policrome.

În interiorul Mănăstirii Putna se mai află Turnul Clopotniței și Turnul lui Eminescu, nume dat clădirii în care, în anul 1871, cel mai mare poet român a fosat găzduit timp de mai multe nopțiLa 21 mai 1983, după aproape șapte ani de eforturi, se termină de scris cartea „Comori ale spiritualității românești la Putna”, scrisă de Claudiu Paradais, pe care autorii ei o închină, „cu dragoste, cu modestie și cu aleasă venerație, poporului român, nemuritorul făurar al tuturor frumuseților noastre materiale și spirituale, din adâncurile căruia s-au ivit și gloriosul ctitor al așezământului de la Putna și smeriții meșteri iscusiți care au trudit aici pentru a ne lăsa moștenire comori inestimabile”.

La 6 iunie 1976 se inaugura Muzeul Mănăstirii Putna, care găzduiește un tezaur extrem de valoros, cuprinzând broderii, țesături, manuscrise, argintărie, obiecte de cult. Printre elementele de mare valoare se numără o cruce cu trei brațe – datată 1503, cea mai veche de pe teritoriul României, Tetraevangheliarul de la Humor – datat 1473, Clopotul Blagoveștenie – dăruit în anul 1490 de însuși domnul Ștefan, celebrul Acoperământ de mormânt al Mariei de Mangop, care este o broderie de o mare valoare, datând de la 1477, lucrată cu fir de aur, argint și mătase colorată pe un fond din atlaz roșu.

Din epoca lui Ștefan cel Mare se mai află în patrimoniul Putnei și cădelnița de la 1470, dăruită de domnitor mănăstirii, o ferecătură din anul 1487 a Evangheliarului de la Humor, cu un portret al domnitorului, o ferecătură din anul 1488 a craniului Sfântului Ghenadie, precum și o minunată ripidă aurită, dăruită tot de domnitor, în 1497.

La Putna se află și Icoana Maicii Domnului cu Pruncul, făcătoare de minuni, din secolul al XV-lea și care, potrivit tradiției, a fost adusă în Moldova de Maria de Mangop, a doua soție a lui Ștefan cel Mare.La Putna își găsesc somnul de veci, Maria de Mangop, care a inaugurat biserica drept necropolă domnească, la înmormântarea ei din decembrie 1477, mitropolitul Teoclist I – înhumat aici în anul 1478, pe latura nordică a pridvorului, Bogdan („cel Orb”) și Petru, fiii domnitorului, îngropați aici în anii 1479 și 1480, sub o lespede comună lângă mormântul Mariei de Mangop, dar și Sfântul Voievod Ștefan cel Mare care a murit la 2 iulie 1504.  Mormântul voievodului este acoperit cu un baldachin din marmură albă, cu o inscripție încrustată pe lespede care arată că viteazul domnitor este ctitorul și ziditorul sfântului lăcaș, alături de soția sa Maria, fiica lui Radu Voievod, iar din anul 1871, pe piatra sa funerară se află urna de argint, care, prin instalarea ei, a marcat împlinirea a patru veacuri de la sfințirea Mănăstirii Putna.