A fost destituit din această funcție în 2001, după venirea la putere a comușitilor. În aprilie 2011  a fost numit președinte al Consiliului Superior al Magistraturii. Din 1996 deține și funcția de președinte al Asociatiei Judecătorilor din Republica Moldova. În discursul său din Parlament, a schițat câteva dintre prioritățile mandatului său.

Moldova are, începând de astăzi, un președinte care cel puțin până acum nu a făcut politică și care susține că îl recomandă formația sa de magistrat, deși unii analiști consideră acest lucru mai mult un minus. A condus anterior Curtea de Apel și Asociația Judecătorilor din Moldova, numirea în funcția supremă găsindu-l în fruntea Consiliului Superior al Magistraturii.

În discursul său din parlament, Nicolae Timofti a arătat că are planuri ambițioase și nu a omis nici una din prioritățile agendei publice interne și externe.

O țară mică precum Moldova este condamnată să facă o politică externă deșteaptă pentru că politica mare este apanajul țărilor mari, a susținut Nicolae Timofti de la tribuna legislativului. Cu toate acestea, președintele ales crede că Republica Moldova își poate consolida statuttul în regiune.

În ceea ce privește situația internă, Nicolae Timofti își propune demararea unui proces amplu de reformare a justiției și a Constituției, prosperitate pentru cetățenii Moldovei, dar și normalizarea relației cu opoziția.