Mitropolia Basarabiei a fost înființată în anul 1925 și, ulterior, după ani grei de persecuții, a fost reactivată, drept urmare a unei decizii luate pe 14 septembrie 1992 la Adunarea Eparhială constituită la Chișinău. În luna decembrie a aceluiași an, Mitropolia Basarabiei este recunoscută de Biserica Ortodoxă Română ca fiind o structură autonomă de stil vechi, făcând parte integrantă din Biserica Ortodoxă Română și având reședința în Chișinău.

„Prin reactivarea Mitropoliei Basarabiei se săvârșește astăzi un act sfânt de adevăr și dreptate, care reîntregește plinătatea comuniunii de credință strămoșească și gândire românească”, se menționează în Actul Patriarhal și Sinodal.

Subordonată canonic Patriarhiei Române, Mitropolia Basarabiei este recunoscută și admisă în legalitate abia pe 30 iulie 2002, ca urmare directă a Rezoluției Adunării Parlamentare a Consiliului Europei din 24 aprilie 2002 „privind funcționarea instituțiilor democratice în Republica Moldova”. Serviciul de Stat pentru problemele Cultelor din Republica Moldova a recunoscut, oficial, personalitatea juridică a Mitropoliei Basarabiei.

În ziua de joi, 29 februarie 2024, în Aula Magna „Teoctist Patriarhul” din Palatul Patriarhiei, sub președinția Preafericitului Părinte Patriarh Daniel, a avut loc ședința de lucru a Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române. Prin decizia nr. 12 s-a reafirmat faptul că „toți clericii ortodocși români și păstoriții lor din Republica Moldova care revin în Mitropolia Basarabiei sunt clerici canonici și credincioși binecuvântați, iar orice sancțiune disciplinară îndreptată împotriva lor pe motivul apartenenței lor la Biserica Ortodoxă Română este considerată nulă și neavenită, potrivit hotărârii sinodale nr. 8090 din 19 decembrie 1992”.