Mitropolia Basarabiei este parte componentă a Patriarhiei Române și a fost reactivată la 14 septembrie 1992, dar a fost înregistrată de către autoritățile de la Chișinău abia în 2003.

Ea a devenit subiect de dispute între Biserica Ortodoxă Română și cea Rusă încă din momentul reactivării sale.

Biserica Rusă a fost susținută în demersurile sale și de către oficialitățile de la Chișinău care au considerat decizia de reactivare a Mitropoliei Basarabiei ca pe un amestec în treburile interne ale Republicii Moldova.

Autoritățile din Republica Moldova au fost totuși nevoite să o înregistreze în urma unei decizii a Curții Europene a Drepturilor Omului din 2001.

Mitropolia Basarabiei a ființat pe teritoriul actualei Republici Moldova până în 1944, când a fost lichidată odată cu instaurarea aici a regimului sovietic.

În prezent, Mitropolia Basarabiei are înregistrate oficial peste 300 așa-zise părți componente care includ parohiile, mănăstirile, misiunile etc, iar Mitropolia Moldovei, subordonată canonic Patriarhiei Ruse,  – aproximativ 1300 de părți componente.

Mitropolia Basarabiei are statut autonom în cadrul Patriarhiei Române și este de stil vechi.