Ziua de 28 iunie trebuie declarată o Zi de doliu național. O asemenea inițiativă fusese înaintată în  Parlament de către Mihai Ghimpu, nefiind acceptată din cauza conjuncturii politice, dar ea este logică și argumentată, afirmă istoricul Anatol Petrencu. După 28 iunie 1940 o mare parte a intelectualității basarabene – preoți, profesori etc. – se refugiază peste Prut, iar cei rămași sunt supuși unui calvar, fiind deportați, întemnițați, exterminați, spune Anatol Petrencu. Primii care au căzut victime ale regimului comunist au fost  peste o mie de foști funcționari români, printre ei -14 foști membri ai Sfatului Țării:

 « Data de 28 iunie pentru noi românii și în mod special pentru românii basarabeni este o zi neagră. Această zi, de 28 iunie 1940, a fost precedată de către alte evenimente – pierderea războiului de către Franța la 22 iunie. Timp de câteva zile oficialii sovietici au negociat cu reprezentanții Germaniei naziste, să realizeze punctul 3 al protocolului adițional secret, adică anexarea Basarabiei. După aceste 4 zile de negocieri, Hitler a fost de-acord să cedeze doar partea de nord a Bucovinei, Stalin dorind să ia întreagă Bucovină, cu Suceava, Câmpulung Moldovenesc. După ce aceste probleme au fost soluționate prin compromis, a fost înaintată guvernului României prima notă ultimativă, o notă plină de falsuri. În ea se spunea că România s-a folosit de slăbiciunea Rusiei Sovietice și a anexat în 1918 Basarabia… Astfel tancurile sovietice au trecut Nistru pe 28 iunie pe la Soroca, Tighina, Cetatea Abă și au înaintat foarte rapid către Prut.

Acele zile au fost foarte grele pentru populația Basarabiei. În jur de 100 mii de cetățeni, conform datelor pe care le avem au reușit să treacă Prutul, în primul rând administrația civilă, militarii, o bună parte din intelectualitatea civilă, cei care au putut să se retragă.

De aici încep necazurile cetățenilor noștri – circa 400 de mii au fost mobilizați, chipurile benevol, pe diferite șantiere din Rusia, unde fuseseră omorâți, în anii 32-33, 38-38, mulți oameni și era nevoie de brațe de muncă ieftine. Ei nu știau limba, lucrau în condiții precare și apoi s-a început războiul și li se pierde urma. Fiind extinse prevederile Codului penal al Federației Ruse, art. 58, orice mișcare putea fi sancționată cu 3-5 și mai mulți ani de muncă forțată. Chiar și pentru modul de a gândi puteai să înfunzi pușcăria la sovietici.

Chiar la scurt timp de la anexare au fost prinși foști funcționari de partid, foști primari, ofițeri ai armatei române și chiar ai armatei țariste, duși în Rusia și condamnați la ani grei de pușcărie. Vadim Pirogan se plimba chiar în centrul orașului, când a fost arestat și trimis în Siberia. Acolo, după mai multe luni de muncă silnică, a aflat ce i se incriminează», relatează istoricul Anatol Petrencu.

Cele mai importante arestări  și deportări ale populației locale vor avea loc în ajunul atacului Germaniei asupra Uniunii Sovietice din 22 iunie 1941. În acea perioadă au loc deportări în masă în mai multe regiuni ale URSS – Republicile Baltice, Ucraina, Bielorusia, etc.. Potrivit istoricului Igor Cașu, în total din Basarabia, Bucovina de Nord și ținutul Herței în primul an de ocupație sovietică au avut de suferit – prin arestare, execuție sau deportare – peste de 86 mii persoane. Circa 22 mii dintre ei au fost din Basarabia.

Scopul terorii asupra popoarelor incluse cu forța în țarcul sovietic era eliminarea « dușmanilor de clasă», a unor potențiali inamici: „În Țările Baltice, spre exemplu, în noaptea de 13 spre 14 iunie 1941 au fost deportate peste 50 mii de persoane. În ansamblu, în cele aproape 12 luni de putere sovietică în zona baltică au dispărut fără veste sau au fost executate nu mai puțin de 123 mii de persoane. În perioada septembrie 1939 – sfârșitul lunii iunie 1941, au fost arestați, deportați sau executați aproximativ 1 000 000 de oameni care aveau cetățenia Poloniei, adică proveneau din regiunile vestice ale Ucrainei și Bielorusiei… Putem constata că motivul principal al operațiunilor sus-numite ținea, după logica regimului stalinist, de eliminarea unor potențiali sau prezumtivi dușmani ai puterii sovietice în condițiile în care posibilitatea izbucnirii unui război de lungă durată cu Germania era iminentă”, menționează istoricul Igor Cașu.

 Una din crimele înfăptuite de bolșevici după anexarea din 1940 a fost exproprierea oamenilor, afirmă Anatol Petrencu: “Lumea a rămas fără proprietate, pe lângă faptul că averile și casele țăranilor deportați au fost confiscate și nu li s-au mai restituit, și aici în Chișinău mulți locatari au fost dați afară, ca să fie ofițeri, alte persoane să se stabilească”.

Deși sunt vehiculate imagini cu localnici din Basarabia care ar fi întâmpinat cu bucurie armata sovietică, potrivit mărturiilor supraviețuitorilor, aceste filme au fost fabricate ulterior la comandă,  susține istoricul Anatol Petrencu

Despre lipsa de simpatie a basarabenilor față de « eliberatorii »  sovietici mărturisește și faptul că în august 1940 aici existau mai puțin de 300 de comuniști, dintre care majoritatea erau ruși și ucraineni, afirmă istoricului Igor Cașu. El mai menționează că în primăvara anului 1941 din 9 mii de comuniști din RSSM, aproape jumătate erau veniți din alte republici sovietice.