În perioada 1988-1992 a fost președinte al filialei Tiraspol al Frontului Popular și a participat la Războiul de pe Nistru în calitate de comandant al unei trupe cu destinație specială. În perioada 1992-2001 a fost deținut politic al regimului separatist din stînga Nistrului, alături de Andrei Ivanțoc, Tutor Petrov-Popa și Alexandru Leșco. În 1993 Ilie Ilașcu a fost condamnat la moarte de o instanță neconstituțională de la Tiraspol. La 5 mai 2001, după nouă ani de detenție, ca urmare a presiunilor politice internaționale, Ilie Ilașcu a fost predat serviciilor secrete ale Republicii Moldova și României.

În urma plângerii depuse de Grupul Ilașcu la CEDO, Curtea Europeană pentru Drepturile Omului a recunoscut implicarea Federației Ruse în conflictul transnistrean și susținerea separatismului din stânga Nistrului de către această țară.

Membrii "Grupului Ilașcu" au fost decorați cu Ordinul Republicii, în 2010, de către președintele interimar al Republicii Moldova, Mihai Ghimpu.