Muzeul a fost înființat de un jurist de origine săsească și mare colecționar de artă, fostul Guvernator al Marelui Principat al Transilvaniei, Samuel von Brukenthal, aflat în funcție între anii 1777 și 1787, perioadă în care acesta construiește un palat în stilul barocului târziu, după modelul palatelor vieneze, clădire care adăpostește astăzi sediul instituției de cultură sibiene.

Samuel von Brukenthal s-a născut la 26 iulie 1721, la Nocrich, actualmente în județul Sibiu, tatăl său fiind juristul Michael Brekner (tot jurist fiind și bunicul său), iar mama, Susanna, era descendentă a familiei de aristocrați a lui Conrad von Heydendorff.

La doar trei ani de la nașterea sa, tatăl său a fost înnobilat pentru loialitate, primind numele nobiliar von Brukenthal.

Samuel a parcurs gimnaziul, apoi, din 9 februarie 1741, a devenit funcționar la Cancelaria din Sibiu.

A devenit apoi student la universitățile din Halle și Jena, unde a studiat dreptul, filosofia, științele politice și administrative, însă nu a obținut un titlu academic, acesta nefiind obligatoriu în acei ani.

Pe perioada studenției este inițiat în francmasonerie, la Berlin, devenind apoi membru al Lojei Masonice din Magdeburg.

Devine cancelar provincial al Vienei, perioadă în care începe să colecționeze opere de artă, care erau achiziționate de la Viena, de cele mai multe ori prin intermediul pictorului Johann Martin Stock, din colecții mai vechi, precum cea a arhiducelui Leopold Wilhelm, prin achiziții de pe piața de artă sau direct de la artiștii epocii, cum erau Martin Meytens și Franz Neuhauser, sau chiar din Transilvania.

A devenit, în anul 1743, unul dintre cei mai importanți colecționari ai regiunii.

În anul 1745, Brukenthal revine la Sibiu, unde, după doi ani de specializare, este admis la Cancelaria administrației locale.

La 26 octombrie 1745 se căsătorește cu Sofia Katharina, fiica primarului provincial Daniel Klokner von Kloknern. A piedut sprijinul familiei comitelui de Baußnern, care sperase că Brukenthal se va căsători cu fiica sa, însă a primit un impuls important în carieră, dată fiind zestrea de 30.000 de guldeni a soției și proprietăților ei imobiliare importante, el devenind astfel unul dintre personajele importante din Transilvania.

A fost, pe rând, grefier secund, pe un salariu de 150 de guldeni, apoi grefier principal și vicenotar al magistratului de Sibiu, începând cu anul 1751.

În anul 1753 călătorește la Viena, unde este primit în audiență de împărăteasa Maria Tereza a Austriei, căreia îi prezintă dorința sașilor de a avea propriul secretariat al administrației, aidoma secuilor.

La 18 ianuarie 1754 este numit secretar al națiunii săsești, iar în 1762, Maria Tereza l-a ridicat la rangul de baron.

Ascensiunea sa continuă în următorii ani, fiind numit, în anul 1765, șef al Cancelariei Curții, în anul 1772 a devenit șef al Cancelariei Provinciei, iar în anul 1777 devine singurul sas transilvănean care a ajuns la funcția înaltă de Guvernator al Marelui Principat al Transilvaniei, pe care a îndeplinit-o până în anul 1787.

În această perioadă colecțiile inițiale ale baronului von Brukenthal se extind considerabil, între acestea regăsindu-se o pinacotecă, cabinetul de stampe, biblioteca și o colecție numismatică impresionantă.

Trebuie spus că ajuns în această funcție, veniturile sale au crescut considerabil, ajungând să câștige aproximativ 24.000 guldeni anual.

Moartea împărătesei Maria Tereza a Austriei, la 29 noiembrie 1780, aduce căderea lui Samuel von Brukenthal în dizgrația împăratului Iosif al II-lea și, în cele din urmă, retragerea lui din funcția de guvernator, în anul 1787.

În anul următor decide să construiască, la Sibiu, după model vienez, un palat în stilul barocului târziu, de dimensiuni impresionante, acesta fiind inaugurat în anul 1779.

Spațiul fastuos al reședinței era destinat să găzduiască galeriile de artă, cabinetul de stampe și biblioteca, dar și seratele muzicale și literare patronate de baronul Samuel von Brukenthal, ansamblul constituindu-se într-un spațiu spiritual transilvănean de înaltă calitate.

În anul 1790, cu trei ani înaintea inaugurării Muzeului Louvre, din Paris, colecțiile de artă europeană ale baronului Samuel Brukenthal au fost deschise publicului.

A trecut la cele veșnice, la Sibiu, la 9 aprilie 1803, la vârsta de 82 de ani, nu înainte de a-și redacta testamentul, în care baronul a dispus, printre altele, deschiderea palatului ca muzeu public. De asemenea, pentru ca imensa sa colecție de lucrări de artă să rămână întreagă, Samuel von Brukenthal a indicat în testament ca doar urmașii săi pe ramură masculină să poată moșteni colecția, iar în cazul întreruperii descendenței, colecțiile să fie gestionate de o fundație care să le aducă în proprietatea Gimnaziului Evanghelic din Sibiu.

Conform dorinței sale testamentare, la 25 februarie 1817, Muzeul Brukenthal este deschis pentru public, fiind una dintre primele instituții de acest gen din Europa, la acel moment.

Mai mult, unul dintre moștenitorii săi, baronul Joseph von Brukenthal, a prevăzut, prin testament, în anul 1867, ca și palatul să fie atribuit aceleiași fundații.

În anul 1872, descendența familiei Brukenthal pe linie masculină se încheie, după decesul baronului Hermann von Brukenthal, astfel că Gimnaziul Evanghelic din Sibiu preia gestionarea imensei averi a familiei Brukenthal.

Pe finalul secolului al XIX-lea, principala preocupare a muzeului a fost de a conserva patrimoniul existent și de a extinde colecțiile prin achizițiil, dar și de a înființa noi colecții, cu accent pe cultura săsească.

În anul 1948, muzeul a fost naționalizat, fiind trecut în proprietatea statului comunist român, moment în care își încetează activitatea și Societatea Transilvăneană pentru Științele Naturii din Sibiu, iar muzeul aflat sub patronajul acesteia este inclus în patrimoniul național.

Evoluția Pinacotecii Brukenthal a fost marcată, de-a lungul timpului, nu doar de îmbogățirea fondului prin intermediul donațiilor și achizițiilor, de alăturarea importantului segment al picturii românești moderne și contemporane, dar și de evenimente regretabile precum confiscarea, în același an fatidic 1948, a unui număr de 19 lucrări și transferarea lor la Muzeul Național de Artă al României din București, conform aceleiași politici centralizatoare comuniste.

În anul 1957, Muzeul de Științele Naturii devenea parte a Muzeului Brukenthal, iar în anul 1966 se deschide Muzeul de Vânătoare “August von Spiess”, urmat, în anul 1972, de deschiderea Muzeului Farmaciei.

Puțini sunt cei care cunosc și un alt amănunt neplăcut din istoria instituției: la 26 mai 1968, într-o zi însorită de duminică, nu mai puțin de opt tablouri din Muzeul Brukenthal au fost furate, valoarea acestora depășind la acel moment suma de 25 de milioane de dolari, în condițiile în care inestimabila colecție era sub grija unui singur paznic, fără niciun alt sistem de securitate.

Este vorba de lucrările Anton van Dyck – „Moartea Cleopatrei”, Frans van Mieris cel Bătrân – „Bărbat cu pipă la fereastră”, Jorg Breu – „Portret de bărbat”, anonim german – „Bărbat cu haină de blană”, Cristoph Amberger – „Portret de bărbat”, Tiziano Vecello da Cadore (1477-1576) – „Ecce homo”, Rosalba Carriera – „Portretul unei tinere femei” (o miniatură pictată pe fildeș), și, cea mai valoroasă, Maestrul legendei Sfântului Augustin – „Bărbat cu craniu în mână”.

Nu s-a aflat decât că lucrările au fost scoase din țară într-un timp-record, de doar trei zile, că hoții au intrat în acea duminică în muzeu ca niște vizitatori obișnuiți, s-au ascuns la etajul al doilea, aflat în renovare, iar de acolo, noaptea, au coborât și au acționat în sălile de expoziție. În plus, anchetatorii au mai stabilit că aceștia nu erau începători, fiindcă nu au atins decât obiectele strict necesare, și dovediseră că au studiat temeinic locul.

Evenimentul a devenit unul dintre cele mai celebre și misterioase cazuri de furt petrecute în perioada comunismului în țara noastră, cu o notă proastă pentru echipa de peste o sută de criminaliști, condusă de celebrul colonel Dumitru „Mitică” Ceacanica, dar și ani întregi de nopți nedormite pentru angajații de atunci ai instituției, care au fost supuși unor anchete de o duritate fără margini, unii dintre ei fiind sechestrați zile întregi în incinta muzeului,  și supuși unui interogatoriu obositor și inutil.

În anul 1971, se zvonea că o parte dintre tablouri ajunseseră deja în Statele Unite, în colecția privată a unui român azilant, iar orgoliul rănit al autorităților comuniste a făcut ca șeful Galeriei de Artă, un fotograf și una dintre gestionarele muzeului să fie condamnați la închisoare. De atunci, pentru mulți ani, peste cazul furtului de tablouri de la Brukenthal s-a așternut tăcerea…

În anul 1998, patru dintre lucrările furate în urmă cu 30 de ani, au fost regăsite în America și repatriate: „Portret de bărbat cu craniu” a Maestrului Legendei Sfântului Augustin, „Ecce Homo” de Tizian; „Portret de femeie” de Rosalba Carriera și „Portret de bărbat cu pipă în fereastră” de Frans van Mieris cel Bătrân.

Revenind la evoluția instituției, în anul 1988 a fost inaugurată Secția Istorie a Muzeului Național Brukenthal, în prezent Muzeul de Istorie, în Casa Altemberger, iar în anul 2006 este deschisă Galeria de Artă Contemporană a Muzeului Național Brukenthal.

Galeria de Artă a Muzeului Brukenthal a debutat, prin inaugurarea la etajul al doilea al palatului a unei secțiuni speciale a circuitului expozițional, în care sunt cuprinse totalul celor 23 de lucrări recuperate în urma confiscării din 1948 și a furtului din 1968, iar modalitatea specială a expunerii a fost concepută astfel încât să sublinieze importanța reîntregirii fondului Pinacotecii Brukenthal.

Muzeul Național Brukenthal a primit în mod repetat recunoașterea Ministerului Român al Culturii, pentru succesul obținut în promovarea patrimoniului muzeal și adaptarea la cerințele publicului contemporan în 2007, an în care Sibiul a fost Capitală Culturală Europeană, alături de Luxemburg, dar și pentru cel mai bun manageriat cultural în anul 2008, premiu înmânat prof.univ.dr. Sabin Adrian Luca, managerul muzeului.

Brukenthal este și primul muzeu din România distins cu Premiul Uniunii Europene pentru Patrimoniu Cultural Europa Nostra în anul 2010, și primul muzeu din România admis în Clubul de Excelență The Best in Heritage de către European Heritage Association, în 2011.

În anul 2015, a devenit primul muzeu din România care a obținut înregistrarea EMAS, Sistem de Audit și Management de Mediu. În cadrul procedurii de certificare EMAS, s-a obținut și certificarea ISO 14001:2004 – Sistem de Management de Mediu. Implementarea acestui sistem presupune implicarea tuturor angajaților, astfel încât să fie atinși indicatorii de performanță propuși: reducerea consumului de energie electrică, gaz natural, apă potabilă, a cantității de deșeuri generate, dezvoltarea gradului de informare și conștientizare. Certificarea EMAS s-a obținut în cadrul Proiectului “Tichia Verde”, inițiat de Parohia Evanghelică CA Sibiu împreună cu Muzeul Național Brukenthal și APM Sibiu, fiind finanțat prin Fundația Germană de Mediu (DBU) și Ministerul Mediului, Apelor și Pădurilor.

În anii 2015 și 2016, Muzeul Național Brukenthal a primit Certificatul de Excelență TripAdvisor, fiind deosebit de apreciat de cei peste 400.000 de turiști ce trec pragul instituției în fiecare an.

Muzeul Național Brukenthal a câștigat și concursul „Together We Save Romanian Cultural Heritage” IFA-CE, ediția I, 2016, juriul alegând, din cele 8 piese intrate în competiție, mecanismul orologiului Bisericii Evanghelice din Bradu, județul Sibiu pentru a fi consolidat la ARC-Nucleart, Grenoble, Franța, finalizarea procesului de restaurare urmând să fie continuată în laboratoarele Muzeului. Confecționat din lemn, cu componente din fier, mecanismul a fost donat Muzeului Brukenthal în anul 1909 de către preotul paroh Schuller.

Din vastele lucrări de artă găduite de Muzeul Brukenthal, menționăm doar faptul că aici se află două dintre cele patru lucrări care există în România și care sunt atribuite pictorului flamand Peter Paul Rubens. Este vorba de tablourile „Sf. Ignațiu de Loyola” și „Sf. Franciscus Xaverius”, celelalte lucrări fiind „Coborârea lui Isus de pe Cruce”, aflat în Catedrala Armeano-Catolică din Gherla și „Cezar primind capul lui Pompei”, tablou aflat în patrimoniul Palatului Culturii din Iași.

În prezent, secțiile muzeului sunt următoarele:

• Galeriile de Artă Brukenthal, cu subsecțiile „Artă Europeană”, în Piața Mare nr. 4, „Artă Românească”, în Piața Mare nr. 5 și „Artă Contemporană”, în Strada Tribunei nr. 6
• Biblioteca Brukenthal – situată în Piața Mare nr. 4
• Muzeul de Istorie Casa Altemberger, cu sediul în Str. Mitropoliei nr. 2
• Muzeul de Istorie Naturală – în Strada Cetății nr. 1, cu subsecțiile Muzeul de Istorie a Farmaciei, situat în Piața Mică nr. 26 și Muzeul de Vânătoare August von Spiess – situat pe Strada Școala de Înot nr. 4.

În încheiere amintim că Președintele României, Klaus Iohannis, a semnat marți, 31 ianuarie 2017, decretul de decorare a Muzeului Național Brukenthal.

Cu prilejul împlinirii a 200 de ani de la înființare, în semn de înaltă apreciere și recunoștință pentru dăruirea și profesionalismul de care au dat dovadă generațiile de specialiști ai acestui așezământ, contribuind la conservarea, sporirea și valorificarea unui patrimoniu cultural de o importanță remarcabilă pentru cultura națională și determinând, pe această cale, recunoașterea municipiului Sibiu drept un reper cultural de importanță internațională, Klaus Iohannis a conferit Ordinul „Meritul Cultural” în grad de Comandor, Categoria E „Patrimoniul cultural național”, Muzeului Național Brukenthal.