Agenția a fost instituită printr-o hotărâre de Guvern în martie 2018 prin fuziunea instituției publice "Agenția pentru Cercetare și Dezvoltare", a Agenției pentru Inovare și Transfer Tehnologic și a Centrului Proiecte Internaționale din subordinea Academiei de Științe a Moldovei.

Autoritatea a fost creată pentru a implementa politicile statului în domeniile cercetării, inovării și dezvoltării, pentru a gestiona fondurile pentru realizarea proiectelor pe această dimensiune, fiind responsabilă de evaluarea propunerilor de proiecte înaintate de cercetători.

Potrivit regulamentului, directorul general al noii structuri trebuie să fie numit în baza unui concurs deschis. Până atunci, premierul numește un director interimar. Până la numirea lui Parfentiev, atribuțiile directorului erau îndeplinite de Viorica Boaghi.