De-a lungul istoriei sale, clubul a fost cunoscut sub mai mai multe denumiri: Dinamo, Burevestnic, Moldova, Avântul și Nistru. Au fost 12 ani în care echipa din Chișinău a evoluat în Liga superioară a fotbalului sovietic, cel mai mare succes fiind înregistrat chiar la debut, în 1956: locul 6 printre 12 formații. În 1974, Nistru învingea pe Dinamo Kiev și Spartak Moscova, dar nu reușea să se mențină în Liga superioară, acolo unde avea să promoveze pentru ultima dată în 1982.

Din 1991, clubul poartă denumirea Zimbru. Este singura echipă care a participat la toate edițiile Diviziei Naționale. A devenit de opt ori campioană și de șase ori deținătoare a Cupei Moldovei. Cel mai bun golgheter din istoria echipei este Iurie Miterev, cu 129 de goluri.

În cupele europene Zimbru a eliminat echipe titrate ca: Dinamo Tbilisi, Goteborg sau CSKA Sofia. Pe teren propriu, „galben-verzii” au remizat cu Șahtior Donețk, PSV Eindhoven sau Tottenham.

Astăzi, Zimbru are o ultimă șansă de a prinde un loc în cupele europene și în sezonul viitor. Echipa antrenată de Ștefan Stoica joacă în semifinalele Cupei Moldovei, la Bălți, contra formației Zaria.