A fost înființat inițial în 1939, cu denumirea Radio Basarabia (Chișinău), fiind primul studio regional al Radio România și al doilea după Radio București. Atunci a existat doar 300 de zile, fiind închis odată cu ocuparea Basarabiei de trupele sovietice, în 1940.

A fost relansat oficial la 1 decembrie 2011, când, pentru prima dată în istoria radiodifuziunii românești, ora exactă a fost dată nu de la București, ci de la Chișinău, moment preluat de toate posturile Radio România.

Radio Chișinău își propunea să reflecteze corect și echidistant realitățile politice, sociale, economice și culturale din Republica Moldova, precum și să ofere ascultătorilor de aici acces la programele Radio România.