Autoritățile argumentează că, în prezent, calitatea educației diferă considerabil de la un raion la altul. Diferențele sunt vizibile atât în rezultatele elevilor la examene, cât și în incluziunea copiilor cu cerințe educaționale speciale, rata abandonului școlar sau modul în care sunt administrate instituțiile de învățământ. Ministerul Educației susține că noul sistem va permite monitorizarea mai eficientă a performanței școlilor și intervenții acolo unde sunt identificate probleme. Totodată, agențiile teritoriale ar urma să beneficieze de salarii mai atractive pentru a putea angaja specialiști mai bine pregătiți.

O altă miză a reformei este aplicarea unitară a politicilor educaționale. Potrivit ministrului Dan Perciun, în prezent există diferențe între raioane în ceea ce privește reducerea birocrației, autonomia directorilor, combaterea plăților informale sau incluziunea elevilor.

„Ne dorim, dincolo de asta, și o aliniere mai bună, pe verticală, între ceea ce propune ministerul și ce fac unele raioane. Sunt subiecte la care noi ținem foarte mult, cum ar fi de exemplu autonomia școlară, debirocratizarea, incluziunea, integritatea, care nu întotdeauna sunt împărtășite de către un consiliu raional sau altul. Și atunci noi, pe deoparte, de exemplu, spunem că trebuie să reducem plățile informale în școală, dar o direcție de învățământ nu întotdeauna împărtășește această viziune și atunci se generează foarte mult frustrare, pentru că ministerul promovează un lucru, iar direcția de învățământ nu întotdeauna subscrie acelorași obiective. Sau noi considerăm că trebuie să avem mai mare încredere în directori școlilor să le acordăm o marjă de manevră mai mare, ei cunosc cel mai bine comunitatea și trebuie să-și asume plenar responsabilitatea administrării. Unele direcții de învățământ se percep în calitate de inspector școlari, (...) cer rapoarte interminabile, fac verificări formale care nu contribuie nicicum la calitate, dar exasperează absolut pe toată lumea vizată”, a spus Dan Perciun. 

Reforma este însă contestată de autoritățile municipale din Chișinău. Primarul general, Ion Ceban, susține că proiectul nu răspunde principalelor probleme din sistemul educațional. El acuză Ministerul Educației că urmărește interese politice.

La rândul său, ministrul Educației, Dan Perciun, a spus la Radio Chișinău că Primăria Chișinău este singura administrație locală care se opune reformei și susține că această poziție este determinată în mare parte de motive politice. El admite însă că există și unele îngrijorări practice, despre care spune că vor fi discutate în perioada următoare.

„Dezbaterea e mare cu Direcția de Învățământ din Chișinău. Este, cred, unicul consiliu municipal care are o poziție categoric critică, din considerente politice, cred eu, dar sunt și anumite îngrijorări practice pe care le vom rezolva pe parcursul lunii august. Vom mai face ajustări în lege ca să dăm toate garanțiile necesare”, a mai afirmat Perciun. 

În prezent, școlile din Rep. Moldova sunt administrate de direcțiile raionale și municipale de învățământ. Reforma prevede înlocuirea acestora cu 35 de Agenții Teritoriale pentru Educație. Școlile vor fi finanțate direct de la bugetul de stat, în baza costului standard per elev. Grădinițele și instituțiile extrașcolare vor rămâne în gestiunea autorităților locale. Agențiile urmează să fie create până la 30 octombrie 2026, iar reforma va intra în vigoare de la 1 ianuarie 2027, cu excepția școlilor din UTA Găgăuzia.