Noua structură organizatorică include 9 subdiviziuni specializate, cu un număr total de 120 de unități, fiind cu 10 unități mai puțin decât prevede actuala structură.

3 direcții care se ocupă de evaluarea și monitorizarea ajutorului de stat au fost comasate.

În contextul deschiderii negocierilor de aderare a Republicii Moldova la UE,  au fost create două subdiviziuni ce vor fi responsabile de domeniul integrării europene și politicilor, cât și de comunicare și relații externe.

Totodată, a fost creată o nouă direcție – Direcția practici comerciale neloiale, dar și o nouă subdiviziune responsabilă de reglementarea pieței transportului feroviar. Autorii proiectului mai propun și lichidarea subdiviziunilor teritoriale.

În anul 2023, un grup de experți internaționali au efectuat o analiză a activității instituționale a Consiliului Concurenței, inclusiv a numărului de personal, proceselor și procedurilor necesare de implementat. Urmare a analizei, experții au înaintat un șir de recomandări, printre care și modificarea structurii Consiliului Concurenței. Necesitatea modificării structurii rezultă din faptul că instituției i-au fost atribuite noi sarcini ca rezultat al modificării Legii cu privire la comerțul interior, cât și al intrării în vigoare a noilor prevederi ale Codului transportului feroviar prin care i s-a atribuit sarcina de reglementare a pieței transportului feroviar.

Inițiativa legislativă aparține deputaților PAS Radu Marian și Dorian Istratii și urmează a fi propusă Parlamentului pentru aprobare.