Secretariatul, condus de secretarul general, asigură asistența organizatorică, informațională și tehnică a activității legislativului, Biroului permanent, comisiilor permanente, fracțiunilor parlamentare și a deputaților.

Regulamentul Parlamentului prevede că secretarul general se numește în funcție de către președintele legislativului, cu consultarea prealabilă a Biroului permanent și cu avizul Comisiei juridice, pentru numiri și imunități. Secretarul general este asistat de adjuncții săi, cărora le poate delega o parte din atribuțiile sale.

În exercitarea atribuțiilor, secretarul general este responsabil de asigurarea bunei activități a organelor de lucru ale Parlamentului, angajează și eliberează din funcție personalul Secretariatului Parlamentului, cu excepția persoanelor a căror numire ține de competența președintelui Parlamentului.

În prezent, funcția de secretar general al Parlamentului este exercitată de către Adrian Albu, iar adjuncții săi sunt Igor Klipii și Lilia Melnic.