De asemenea, Legislativul a autorizat Procuratura Generală să deschidă o cercetare penală la adresa lui; deputatul trăiește în prezent în SUA.

Decizia a fost aprobată de 438 de parlamentari, iar unul singur a votat împotrivă, după ce procurorul general adjunct, Alexandr Buksman, a solicitat Legislativului să ia această hotărâre pentru a-l putea aduce în instanță pe deputat, ales în anul 2011 pe listele partidului "Rusia Dreaptă".

Duma, Camera inferioară a Parlamentului rus, și-a dat aprobarea față de trimiterea în judecată a lui Ponomariov pentru deturnare de fonduri publice, cu toate că mai înainte purtătorul de cuvânt al Comitetului de Instrucție, Vladimir Markin, anunțase că el va fi acuzat și de fraudă, în cazul pierderii imunității.

Deputatul de opoziție este acuzat de a fi participat în anul 2010 la fraudarea a 22 milioane de ruble (cca 750.000 dolari) din conturile fondului "Skolkovo". Potrivit comitetului, vicepreședintele "Skólkovo", Alexei Beltiukov, a plătit fraudulos deputatului 750.000 dolari pentru o serie de conferințe în vederea promovării proiectului.

Ponomariov, ales pe lista unui partid care nu face opoziție reală președintelui Vladimir Putin, a participat începând cu 2011 la organizarea multiplelor proteste populare contra presupuselor fraude din alegerile legislative ce au avut loc în octombrie 2011 și, ulterior, la cele prezidențiale din mai 2012.

În 2013, și-a suspendat apartenența la 'Rusia Dreaptă', după ce un alt membru al acestui partid, deputatul Ghennadi Gudkov, a fost dat afară din formațiunea politică din cauza activității sale de opoziție față de Kremlin.

În martie 2014, a devenit unicul deputat din Duma de Stat care nu a susținut anexarea Peninsulei Crimeea și care s-a pronunțat împotriva ingerinței Rusiei în criza din Ucraina.

Din august 2014, Ponomariov trăiește în SUA, în timp ce salariul lui de deputat este oprit în fondul "Skólkovo" pentru a acoperi presupusa datorie pe care o are față de această entitate.