Operațiunea de deportare a început în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941. Organele sovietice represive au reușit să strămute până la 22 iunie 1941 zeci de mii de basarabeni. Au fost duși în cele mai îndepărtate regiuni ale fostei Uniuni Sovietice oamenii cei mai înstăriți, dar și cei care erau percepuți ca o amenințare la adresa URSS. În categoria „elemente antisovietice” au mai fost incluși „moșierii”, „comercianții”, „polițiștii și jandarmii”, „albgardiștii”, „primarii”, „refugiații din URSS” și alte „elemente sociale străine”.

Deportările au avut rolul de a distruge întâi de toate elitele, ca mai apoi să-i determine pe cei rămași acasă să accepte mai ușor colectivizarea și exproprierea de bunuri, potrivit istoricilor.

Datele oficiale arată că aproximativ 25 de mii de basarabeni și bucovineni au fost deportate în noaptea de 12 spre 13 iunie, acesta fiind doar primul val de deportări din perioada sovietică. Au urmat alte doua valuri în 1949 și 1951, în urma cărora au avut de suferit alte aproape 40 de mii de basarabeni.