Primul Muzeu din Chișinău a fost creat în 1889, sub egida Zemstvei Basarabiei, în baza unei expoziții agricole, în cadrul căreia specialiști din domeniu au dorit să arate tendințele, moderne pe atunci, din agricultură. Istoricul Sergiu Musteață:

„Mai mulți oameni de știință, oameni care făceau parte din elita basarabeană de atunci, zoologi, etc., s-au ocupat de aducerea în colecția acestui muzeu a bunelor elemente ale florei și faunei Basarabiei. Ulterior au fost prezentate, în Imperiul Rus, la finele secolului 19,  la diferite întruniri, congrese care au avut loc la Sankt-Petersburg, ș.a”.

Muzeul Zemstvei din Cișinău a devenit recunoscut în scurt timp la nivel internațional. Mai multe piese din prima expoziție a Zemstvei se păstrează și astăzi, printre care câteva animale împăiate de Franț Osterman, primul director al instituției. Cercetătorul științific din cadrul Muzeului Național de Etnografie și Istorie Naturală, Mihai Ursu:

„Primele exponate s-au păstrat până în ziua de astăzi. Sunt un set de semințe, de culturi cerealiere boboase și furajere, care au fost donate de către participanți. De asemenea și unele animale, care au fost naturalizate de către Franț Osterman, care a fost participant la această expoziție și care mai apoi a fost invitat să lucreze la muzeu ca custodie și preparator. Într-un timp foarte scurt muzeul din Chișinău devine recunoscut în întreaga Europă. La 1894, participând la o expoziție internațională de la Sankt-Petersburg, a fost menționat cu medalia de argint și cu diploma de onoare”.

La începutul secolului XX a fost construită o clădire nouă pentru Muzeul Zemstvei, în stil mauritan. Noua clădire a fost proiectată de reputatul arhitect Alexandru Bernardazzi.