Actualmente, Moldova sunt 3000 de ambarcațiuni înregistrate. Însă la nivel de țară nu există un sistem național de formare profesională și certificare a personalului navigant, chiar dacă în domeniul transport naval sunt înregistrate 348 de acte eliberate personalului navigant și 291 de carnete de marinar, iar 946 de certificate de navigație  eliberate conducătorilor de ambarcațiuni de tonaj mic. Acești profesioniști însă trebuie să-și reconfirme periodic certificatele în baza unor instruiri de formare profesională continuă. Lipsa unui sistem de formare profesională a acestui personal nu doar afectează activitatea sectorului transport naval, dar și întârzie Republica Moldova în procesul de aproximare a cadrului legislativ la legislația UE, fiind o condiție pentru integrarea europeană a țării.

Până în prezent, acești profesioniști din Republica Moldova au fost formați în mare parte în perioada sovietică, iar după destrămarea imperiului sovietic, în Ucraina sau în Romania. La fiecare cinci ani toate aceste persoane urmau instruiri de calificare profesională și erau recertificați tot în statele vecine. Războiul din Ucraina a făcut imposibilă certificarea profesioniștilor in domeniul transport naval din Moldova, dar și din Ucraina. În același timp, Moldova încă nu poate oferi servicii de instruire și formare profesională deoarece nu dispune de cadrul legislativ și reglementare, precum și centre de școlarizare privind instruirea și formarea profesională a personalului navigant. Pentru a depăși această problemă, programul USAID MISRA a evaluat situația curentă, formulând o serie de recomandări și va oferi asistență instituțiilor guvernamentale în elaborarea cadrului legal în acest domeniu, aliniat la directivele UE și Acordurile și Convențiile internaționale la care Moldova este parte.

Dezvoltarea cadrului și sistemului de formare profesională a navigatorilor va contribui și la dezvoltarea domeniului transportului naval, care la moment este slab dezvoltat, chiar dacă acest domeniu dispune de un potențial enorm pentru catalizarea creșterii economice, deoarece este mai ieftin decât cel auto și cel feroviar. Oportunitățile generate de acest sector au devenit și mai evidente după ce Rusia a provocat războiul din Ucraina, când sistemul logistic pentru operațiunile comerciale a fost puternic afectat. Conform datelor Biroului Național Statistic, în 2023 transportul pe căi navigabile interioare (fluvial) a marcat creștere cu 1,5% atât la volumul de mărfuri transportate cât și la parcursul acestora. Iar potrivit Agenției Navale a RM, în anul 2023, Portul Internațional Liber Giurgiulești și Portul de Pasageri și Mărfuri Giurgiulești au operat 2 668 037 tone de mărfuri, cu 24,4 % în creștere comparativ cu anul 2022, deservind 1625 de nave, fiind la limita capacităților sale de operare a operațiunilor comerciale.

Republica Moldova deține două căi navigabile interne de scurgere liberă (râurile Nistru și Prut) clasificate drept căi de importanță internațională, pe anumite porțiuni, incluzând două porturi moldovenești de importanță internațională portul Giurgiulești pe fluviul Dunărea, și portul Bender pe râul Nistru. Râurile Nistru și Prut la momentul actual sunt navigabile doar pe anumite sectoare, din cauza nămolirii lor și neefectuării lucrărilor de menținere a navigabilității garantate pentru efectuarea în siguranță a navigației. Astfel, transportul naval este valorificat la un randament foarte redus, comparativ cu perioada sovietică, când se efectuau transporturi de mărfuri și călători - pe râul Nistru până la portul Belgorod-Dnestrovsc, iar de pe râul Prut pe Dunăre până la Galați (România), portul Reni și Izmail (Ucraina). Adițional, pe râul Nistru activează ÎS „Bacul Molovata”, care transport pasageri și autoturisme. De asemenea, pe Nistru este amplasat cheul Olănești nefiind operațional la moment.