Ministerul Sănătății, căruia i se subordonează, precizează că și în prezent cheltuielile directe și indirecte ale Agenției sunt acoperite integral din contul veniturilor colectate.

De notat, recent a fost creată o structură responsabilă de achiziționarea centralizată a medicamentelor și dispozitivelor medicale pentru instituțiile medico-sanitare.   Astfel, aceste funcții nu vor mai fi în competența Agenției Medicamentului și  Dispozitivelor Medicale.

Agenția își câștigă veniturile din prestarea serviciilor contra plată: certificarea medicamentelor și dispozitivelor medicale autohtone și de import. Instituția evaluează erorile de medicație, cazurile de utilizare nerațională sau abuzivă a medicamentelor. Alte funcții țin și de elaborarea ghidurilor pentru medicamente, efectuarea controalelor, inclusiv inopinate, la instituțiile farmaceutice și alte funcții.