În primul an de ocupație sovietică, 1940-1941 a avut loc și primul mare val de deportări.

Potrivit istoricilor, una dintre consecințele grave ale anexării a fost anihilarea Basarabiei istorice și implementarea politicilor sovietice de deznaționalizare. 

Perioada cuprinsă între 28 iunie 1940 și 22 iunie 1941 a fost una catastrofală pentru românii din Basarabia și Bucovina de Nord, fiind marcată de deportări, deposedări ilegale de averi, asasinate și arestări în masă, susțin cercetătorii.

Potrivit istoricului Ion Varta, în vara anului 1940, închisorile din Basarabia își depășiseră de trei ori capacitatea, iar multe dintre ilegalitățile sovieticilor din acel an nu sunt încă pe deplin documentate de istorici. Cel mai tragic a fost, însă, primul mare val de deportări, din 13-16 iunie 1941, cu numai câteva zile înainte ca armata română să intre pe teritoriul Basarabie, a subliniat Ion Varta. Atunci din Basrabia și din celelate teritorii românești anexate de Uniunea Sovietică au fost deportate 32 de mii de persoane.

După 1940 a fost distrusă, practic, Basarabia istorică, afirmă istoricul Octavian Țâcu.

Deși acest prim an de ocupație sovietică nu a reușit să schimbe în esență identitatea românilor din Basarabia, el a reprezentat o pregătire pentru  implementarea politicilor de deznaționalizare după 1944, mai afirmă istoricii de la Chișinău.