Unele fracțiuni parlamentare au criticat modul de repartizare a comisiilor, spunând că nu a fost respectat principiul de reprezentare proporțională.

 În actualul parlament vor funcționa 9 comisii față de 10 în cele precedent. Au fost comasate comsiile responsabile mediu și administrare publică. Deputații din fracțiunile PSRM, PLDM, PCRM și PDM vor conduce câte două comisii, iar PL va deține președinția unei singure comisii.

 Astfel,  deputatul socialist Vladimir Țurcan va conduce comisia pentru drepturile omului, iar Radu Mudreac, comisia pentru agricultură și industrie alimentară. Comisia pentru economie, buget și finanțe va fi condusă de liberal-democratul Ștefan Creangă, iar colegul său de partid Vladimir Hotineanu va fi președintele comisiei pentru cultură și educație.

PCRM va deține președinția comisiei pentru protecție socială și pentru administrare publică. Acestea vor fi conduse de Oxana Domenti și, respectiv, Elena Bodnarenco. Comisiai juridică va fi condusă în continuare de democrata Raisa Apolschi, iar comisiai pentru politică externă de fostul păreședinte al parlamentului Igor Corman. Liberalul Veaceslav Untilă a fost ales în funcția de președinte al comisiei pentru securitate și apărare